Первый Зелёный марафон Сбербанка прошёл в 2012 году. За эти годы более 600 тыс. человек стали его участниками. Проект удостоен награды Программы ООН по окружающей среде за вклад в развитие экологии планеты. Дважды признан лауреатом премии «Навстречу будущему».
Благотворительный забег «Бегущие сердца» был создан Полиной Киценко и Натальей Водяновой в 2015 году в поддержку программ Фонда помощи детям «Обнажённые сердца».
В 2017 году Сбербанк и фонд «Обнажённые сердца» объявили о сотрудничестве и объединили свои беговые проекты, создав Зелёный марафон «Бегущие сердца».
Новый объединённый проект — Зелёный марафон «Бегущие сердца», прошедший в Москве в 2017 году, — стал одним из самых эффективных спортивных благотворительных мероприятий, собрав рекордную сумму — 50 000 000 рублей. Все полученные средства были направлены в фонд «Обнажённые сердца» на развитие проекта ранней помощи для маленьких детей с такими нарушениями развития, как аутизм, синдром Дауна и церебральный паралич. Благодаря собранным средствам более 500 семей в пяти городах получили доступ к бесплатным службам сопровождения в центрах раннего вмешательства, службах ранней помощи и детских садах, где реализуется проект фонда «Обнажённые сердца».
Шестого марта 2018 года Президент, Председатель Правления Сбербанка Герман Греф и основатель Фонда помощи детям «Обнажённые сердца» Наталья Водянова подписали соглашение о проведении 27 мая 2018 года Зелёного марафона «Бегущие сердца». Сбербанк проведёт забег в седьмой раз, второй год подряд он будет организован совместно с фондом «Обнажённые сердца».
Участниками Зелёного марафона «Бегущие сердца» в Москве будут не только сотрудники Сбербанка, спортсмены-любители, профессиональные спортсмены (в том числе и призёры олимпийских игр), но и члены паралимпийской сборной России, атлеты специальной олимпиады, люди с ограниченными возможностями здоровья, пользующиеся инвалидными колясками.